因为“的”既可以表示修饰，又可以表示从属关系，而对于从属关系，习惯上一般是拥有者在前，所有物在后，比如“人的眼睛”。
“有着”则可以强调“眼睛”作为拥有物的属性。把“有着”省略后（即变成“眼睛的人”），会让“的”的作用变得具有多种可能性。虽然读者能从事实上（即确实是‘我’拥有‘眼睛’这个事实）回过神来，但我有点担心这样对阅读时的流畅性会有一些影响。不过看来影响并不大。
我考虑了一下，感觉“黑眼睛”这个说法还挺有意思，像是从一种日常习惯的角度解决了问题。我自己则觉得还可以从句子前的量词“个”上，把“眼睛”和“人”的区别放大，减轻习惯的作用，毕竟一般不说“一个眼睛”。
