1.碇源堂为了更好的控制儿子，给他的LCL里下了睾酮，导致碇真嗣的激素平衡不再稳定。在明日香一次最难听的讽刺挖苦以后，真嗣失去了理智……强暴了明日香。激素的效果过去，真嗣清醒过来。故事从真嗣发现自己做了什么开始。
2.第三次冲击以后，真嗣觉得自己是世界上最差劲的人，因为他引发了三冲，让所有人变成了LCL，坐视着量产机把明日香扯碎，最后还在海滩差点掐死了明日香。于是他崩溃了，承认自己完全属于明日香，任她怎么使用。而明日香为自己的遭遇和痛苦而怨恨真嗣，于是殴打，折磨，辱骂了真嗣八个月。直到最后一次，在她强暴了真嗣以后，在她又打断了真嗣三根骨头以后，她发现真嗣要死了。她开始悔恨。故事从明日香的第一次悔恨开始。
3.三次冲击结束后不久，明日香离开了真嗣。当时他刚刚把明日香从一台蓄意谋杀的大卡车前边推开，但明日香觉得被无敌真嗣拯救是新的耻辱。于是她推了真嗣一把，让他从立交桥上摔了下去，让他受了重伤。不敢面对她做了什么，她逃到德国，八年断绝了和真嗣的联系。
八年以后，真嗣成为了一个街头混混。他染上了高烈度的麻醉剂瘾，整日在酒吧里打架斗殴。在他生日那天，他从一帮流氓手底下救了一个小女孩，因此被捅成重伤。美里打电话给知名外科医学专家明日香，要她要么过来见真嗣最后一面，要么再也不要回来。故事从此开始。
