发芽的洪！　︵ᵟຶ
( `д´)ジ

话说中午吃什么呢( ´ρ`)

好不容易找到一个能建模的数据了，猜猜怎么着？
开了原文件发现想要的基因就根本没有( ☉д⊙)

不过好在这次没有建模没有limma，至少他被毙掉之前没给过我那么大希望呢( ﾟдﾟ)

用了一个下午在Chatbox把这几天的注释文件啥的全放到知识库里去了，这样会省很多对话长度吧我说(σﾟ∀ﾟ)σ

可能是前两天元宝给的代码有问题，为什么GSE32389会没有EGFR和MCL1呢。这两个基因发了这么多论文总应该在的吧我说( ・_ゝ・)

蓝色大肥鱼你帮我再跑一遍limma(σﾟ∀ﾟ)σ

哦对！我们不用k折测试，我们小样本可以跑LOOCVﾟ ∀ﾟ)ノ

跑完limma了，数据是一样的。错怪元宝了
GSE32389根本跑不出能做湿实验的基因(　^ω^)

GSE48501和GSE185421只有四个样本我怎么建模呢( ´_っ`)

分别limma合并后去批次再进行LASSO？可是只有八个样本跑不来k折测试只能走LOOCV的情况下GSE32389因为没有核心基因做不了外部验证，LASSO过拟合几乎不可避免啊( ´_っ`)

哦哦！我们用GSE48501和GSE185421一起训练，他们都有CPS1和PGM1！

难道核心基因就是他俩(　^ω^)

gg没有人见过，后续湿实验做不了( ﾟᯅ 。)

*和不同前辈重复了十几次的对话如下
：前辈前辈你见过GPS1吗？
：没有
：前辈前辈你见过PGM1吗？
：确实没有来着
：可这俩是三个数据集都有的欸
：确实没见过
：( ´_っ`)
：( ´_っ`)

前辈的奶茶好味(　^ω^)

总结总结！

我们在GSE32389单独训练建模！
因为平台GPL4381太老，很多探针没有覆盖得不到关键基因

分别limma后合并GSE48501和GSE185421，
或者直接合并GSE48501和GSE185421建模LASSO！
因为各只有4个样本，无法k折，LOOCV会过拟合，而且GSE32389因为没覆盖到关键基因也不能做验证集。总结就是因为过拟合用不了

看看模仿A multi-gene predictive model for the radiation sensitivity of nasopharyngeal carcinoma based on machine learning这篇文章怎么样呢？
毕竟他们用的也是GSE32389
但他们有自己的自测数据，依旧不可行

作CPS1和PGM1的实验呢？
没人见过，不好做


完全gg(σﾟ∀ﾟ)σ

才9点就下班了，我是在做什么美梦？

对对，还有最后一条路。我们只要把Limma的阈值从adj.p改成p这样子他就不是校正后的数值，那就更容易把需要的基因筛出来(　^ω^)

拥抱自动化喵！(　^ω^)
不知道前两天的肥哥还看不看这个串。其实我也R语言苦手，我们可以把弄下来的文件放到AI的那个知识库里，让他自己调用，自己写代码。


蓝色大肥鱼她绝对是战神中的战神。(　^ω^)

DeepSeek的后端调用好像换成DeepSeek-V4-Pro这个名字了
更新啦？啥时候的事(　^ω^)

感觉改了名字之后的大肥鱼变笨了，是我的错觉吗( ﾟᯅ 。)

一方面，PO 也许可以找点靠谱的便宜中转用 gpt-5.6-terra/sol ，非常的强大且好用。
另一方面，PO 真的不担心熟人岛吗？或者透露实验室课题进度造成损失啥的。

>>No.69116629
哦莫，肥哥提醒我了。不过我用的是公开的数据集，模仿的也是别人的文章，算是练手莫这是。

好久不发串了好像是要注意啊( ﾟᯅ 。)

很心酸的一点是，因为要帮忙所以同门的项目我或多或少了解一些。
但我自己的项目因为暂时只有我和时不时过来看看的前辈T知道一点。不过前辈T并不懂R代码，每次看只能说句*加油啊B君*
似乎也并没有被发现的问题
目前做的方法和结果在上面那篇文章里基本都有( ´_っ`)