曼哈顿工程的作用可以直观地体现在美国政府对资源的集中调配上。在原子弹研制初期，研究者远远低估了这一工程所需的人员、资金和物资，也低估了这一工程对调配资源所需的努力。在铀顾问委员会的第一次会议上，委员会决议要6000美元的经费来购买石墨用于研究，这一笔经费的申请颇费了一番周折，从申请到落实花费了4个月的时间。即使在曼哈顿工程开始后，在组建洛斯－阿拉莫斯实验室时，原子弹的总设计师奥本海默还乐观地认为，这一实验室的研究工作只需要6名物理学家和100多名工程技术人员就足够了。但事实上，到了1945年，这个实验室总共拥有2000多名文职研究人员和3000多名军事人员，其中包括了1000多名科学家。而整个曼哈顿工程实际耗资高达20多亿美元，参加者多达20余万人。这样高强度的对人员、资金和资源的集中配置，有赖于曼哈顿工程所形成的集中统一管理的科技创新系统。
比起资源的集中调配，曼哈顿工程所起的更重要的作用是，它构建了一个任务导向型的科研创新系统。原子弹的研制工作是一个复杂的系统工程问题，而不是简单的科学研究问题。在此之前，一些理论已经预言了原子弹在技术上的可能性。例如，1905年，爱因斯坦提出了质能方程式，从理论上预言了自原子核中发掘强大能源的可能。20世纪40年代末，约里奥－居里夫妇为首的实验小组和费米为首的实验小组相继通过实验阐明了链式裂变的可能性。但是，要让这些理论预言转变成现实，需要的是政府部门、科研机构、大型工业企业的相互配合，并由此形成一个致力于原子弹技术的创新系统。曼哈顿工程开始后，原子弹的理论研究与设计中心，洛斯－阿拉莫斯实验室在1943年3月初步建成，一系列核裂变研究相关的工厂陆续建成。一个相互合作并产生正反馈效能的创新体系取代了原本各自为政的创新体系，并且这毫无疑问离不开对整个原子弹工程的集中统一领导。
曼哈顿工程可能会给我们一个错误印象，那就是美国这种具有“举国体制”特征的创新活动只是战时的临时体制。但事实并非如此。在第二次世界大战结束后，美国曾一度废弃了曼哈顿工程为代表的科研创新政策，恢复以自由探索为主导的体制。然而，一个历史事件改变了这一切。1957年，苏联发射了人类史上第一颗人造卫星。这一事件引发了美国朝野上下一片震动，美国害怕自己会输掉这一场科技大战。为此，美国政府开始以各种名目重新建立起了政府科研管理机构，这些机构被隐蔽地设置在美国国防部、能源部、中央情报局等机构下，它们的活动一般被冠以国家安全的名义，从而不必受到“自由市场”教条的束缚，等于给这些活动加上了一层隐蔽的外衣。在这之中，国防高级研究计划局就是美国隐蔽的科技创新政策的重要代表。
